Ich habe es jetzt einmal mit der Datei Saw_18.03.23_23-30_zdfneo_100_TVOON_DE.mpg.HD.avi getestet. Was mir zuvor aufgefallen ist, dass es keinen Dateikommentar gibt. Daher hatte ich schon den Verdacht, dass es kein allgemeines Problem sein kann, da sich ansonsten sicherlich mehrere Nutzer gemeldet hätten.
Und auch ich konnte den Film problemlos mit VirtualDub und dem x264vfw-Codec schneiden. Der Fehler muss also bei deinen Einstellungen zu suchen sein.